มูลนิธิมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ ในฐานะองค์กรอิสระ มีพันธกิจในการให้บริการฝึกอบรมและเผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ และการตรวจรับรองแก่ผู้สนใจ ซึ่งสามารถให้บริการอบรมความรู้ทั่วไปได้ แต่จะไม่สามารถเป็นที่ปรึกษากับผู้ประกอบการเกษตรอินทรีย์รายใดรายหนึ่งได้ ทางมูลนิธิฯ มีหลักสูตรการฝึกอบรมที่อาจจัดให้กับผู้ประกอบการได้แก่
- ความรู้เบื้องต้นเกี่ยวกับการตรวจสอบรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์
- รายละเอียดมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ในแต่ละขอบข่ายและระบบมาตรฐาน
เช่น การเพาะปลูกพืช การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ การเก็บเกี่ยวผลผลิตจากป่าและพื้นที่ธรรมชาติ ฯลฯ เป็นต้น
- การจัดตั้งระบบควบคุมภายใน (Internal Control System- ICS) สำหรับการรับรองแบบกลุ่ม
ทั้งนี้ผู้ประกอบการสามารถประสานงานร้องขอให้ มูลนิธิฯ ออกแบบหลักสูตรเฉพาะตามความสนใจของผู้เข้ารับการอบรมได้