มูลนิธิมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ เป็นองค์กรไม่แสวงกำไร ดำเนินการจดทะเบียนในเดือนกันยายน พ.ศ.2544 มูลนิธิมาตรฐานเกษตรอินทรีย์เป็นเจ้าของลิขสิทธิ์ มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ มกท. และตราสัญลักษณ์การรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ (ตรา มกท. ที่เป็นรูปรวงข้าวทั้งภาษาไทยและอังกฤษ รวมถึงตราที่มีคำว่า IFOAM Accredited อยู่ด้านล่าง)
มูลนิธิมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ ในฐานะองค์กรอิสระ มีพันธกิจในการให้บริการฝึกอบรมและเผยแพร่ความรู้เรื่องเกษตรอินทรีย์ และตรวจรับรองแก่ผู้สนใจ สามารถให้บริการอบรมความรู้ทั่วไปได้ ดำเนินงานโดย คุณนาถฤดี นาครวาจา ผู้อำนวยการมูลนิธิ และทีมงานฝึกอบรม
