การตรวจรับรองมาตรฐาน

มกท. ให้บริการตรวจรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ในหลายขอบข่ายและมาตรฐาน ขึ้นอยู่กับลักษณะการผลิต-จัดการ-แปรรูป-ตลาดของผู้ประกอบการ ดังที่แสดงในตารางข้างล่าง

การเลือกว่าจะขอรับรองมาตรฐานอะไรนั้นจะต้องพิจารณาว่า จะขายผลผลิตเกษตรอินทรีย์ไปยังตลาดอะไรบ้าง หรือผู้ซื้อน่าจะต้องการมาตรฐานใด ถ้าเป็นตลาดทั่วไป เช่นในประเทศไทย หรือในภูมิภาคเอเชีย (ยกเว้นญี่ปุ่น จีน เกาหลี และไต้หวัน) ออสเตรเลีย นิวซีแลนด์ การขอรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ในระบบ IFOAM Accreditation Programme ก็น่าจะเพียงพอ  แต่ถ้าจะส่งออกผลผลิตไปในยุโรป ก็จำเป็นต้องขอรับรองในระบบของสหภาพยุโรป เป็นต้น  ผู้ประกอบการอาจเลือกขอรับรองมาตรฐานมากกว่า 1 ระบบได้ โดยมีค่าใช้จ่ายเพิ่มขึ้นเพียงเล็กน้อย

ระบบการรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ IFOAM Accreditation Programme สหภาพยุโรป และสวิสเซอร์แลนด์จะมีความใกล้เคียงกันมาก มีความแตกต่างในเรื่องมาตรฐานเพียงเล็กน้อย  ในขณะที่ ระบบการรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ของแคนาดาและสหรัฐอเมริกาจะใกล้เคียงกัน (มีข้อแตกต่างเรื่องมาตรฐานเพียงเล็กน้อย) ซึ่งในการให้บริการของ มกท. จะให้บริการตรวจรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ของแคนาดาและสหรัฐอเมริกาไปควบคู่กัน โดยไม่คิดค่าบริการเพิ่ม