การรับรองมาตรฐาน การแปรรูปและจัดการผลผลิต

ผู้สมัครอาจเป็นผู้ประกอบการเอง หรือจัดจ้างผู้อื่นให้ทำการแปรรูปหรือจัดการผลผลิตให้ก็ได้

การจัดการผลผลิตครอบคลุมการจัดการในทุกด้าน เช่น การคัดเกรด การบรรจุ การจัดเก็บ (แช่เย็น หรือในโรงเก็บปกติ) และการจัดจำหน่าย  ส่วนการแปรรูปเป็นการเปลี่ยนสภาพของผลผลิตให้เป็นผลิตภัณฑ์ที่มีลักษณะแตกต่างออกไป โดยอาจใช้ผลผลิตของตัวเอง หรือผลผลิตที่ซื้อมาจากกลุ่มผู้ผลิตที่ผู้สมัครได้ว่าจ้าง หรือจากผู้ประกอบการเกษตรอินทรีย์อื่นๆ ที่ได้รับการรับรองแล้ว

ระบบมาตรฐานที่ มกท. สามารถให้บริการรับรองการแปรรูปและการจัดการผลผลิต คือ
* เกษตรอินทรีย์ IFOAM
* เกษตรอินทรีย์สหภาพยุโรป
* เกษตรอินทรีย์สวิสเซอร์แลนด์
* เกษตรอินทรีย์แคนาดา
* เกษตรอินทรีย์สหรัฐอเมริกา